相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

doi:10.12141/j.issn.1000-565X.180313

华南理工大学学报(自然科学版) ›› 2019, Vol. 47 ›› Issue (6): 136-141,148.doi: 10.12141/j.issn.1000-565X.180313

相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

刘雪梅李文黄管大黄天来叶宇中徐国皓

华南理工大学物理与光电学院，广东广州 510640

收稿日期:2018-11-21 修回日期:2018-09-14 出版日期:2019-06-25 发布日期:2019-05-05
通信作者: 刘雪梅(1975-)，女，博士，副教授，主要从事生物信息学研究． E-mail:liuxm@scut.edu.cn
作者简介:刘雪梅(1975-)，女，博士，副教授，主要从事生物信息学研究．
基金资助:
国家自然科学基金资助项目(11205061);广东省科技计划项目(2016A010101020)

Feasibility Evaluation of Dissimilarity Algorithm and Adjacency Method for Constructing Evolutionary Tree

LIU Xuemei LI Wen HUANG Guanda HUANG Tianlai YE Yuzhong XU Guohao

School of Physics and Optoelectronics，South China University of Technology，Guangzhou 510640，Guangdong，China

Received:2018-11-21 Revised:2018-09-14 Online:2019-06-25 Published:2019-05-05
Contact: 刘雪梅(1975-)，女，博士，副教授，主要从事生物信息学研究． E-mail:liuxm@scut.edu.cn
About author:刘雪梅(1975-)，女，博士，副教授，主要从事生物信息学研究．
Supported by:
Supported by the National Natural Science Foundation of China(11205061) and the Science and Technology Planning Project of Guangdong Province(2016A010101020)

摘要/Abstract

摘要： 在系统发育学中，构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础．本文探讨并验证了基于 k-mer 的相异度算法 d2S 结合邻接法 NJ 构建系统进化树的可行性，对两种进化情景下的 12 个 16S rRNA 和 36 个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k = 4，6，8， 10)，3 类 16S rRNA 很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来，效果和 Woese 目录基本一致;同时可把 4 种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开，而且受参数 k 影响小，分类效果非常好．这展现了相异度算法 d2S 结合邻接法 NJ 强大的功能．使用相异度算法 d2S 结合邻接法 NJ 构建系统进化树，将为系统进化关系提供新的算法和思路．

关键词: 相异度算法 d2S, 邻接法(NJ), k-mer, 16S rRNA, 噬菌体

Abstract: In phylogenetic，the algorithm of constructing evolutionary tree is the basis of studying evolutionary rela- tionship． The feasibility of constructing evolutionary tree based on k-mer dissimilarity algorithm d2S and adjacency method NJ was discussed and verified． The evolutionary tree was constructed for 12 16S rRNA and 36 bacterio- phage molecule sequences in two evolutionary scenarios (k =4，6，8，10)． Three types of 16S rRNA were clear- ly classified according to archaea，bacteria and eukaryotes，and the results are basically consistent with Woese cata- logue． At the same time，four types of bacteriophages can be distinguished according to the original evolutionary relationship，and the influence of parameter k is small，so the classification effect is very good． This demonstrates the powerful function of the dissimilarity algorithm d2S． Using the dissimilarity algorithm d2S and the adjacency method (NJ) to construct the evolutionary tree will provide a new algorithm and idea for the phylogenetic relation- ship of the system．

Key words: dissimilarity algorithm d2S, adjacency method (NJ), k-mer, 16S rRNA, bacteriophages’

中图分类号:

刘雪梅李文黄管大黄天来叶宇中徐国皓. 相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估[J]. 华南理工大学学报(自然科学版), 2019, 47(6): 136-141,148.

LIU Xuemei LI Wen HUANG Guanda HUANG Tianlai YE Yuzhong XU Guohao. Feasibility Evaluation of Dissimilarity Algorithm and Adjacency Method for Constructing Evolutionary Tree[J]. Journal of South China University of Technology(Natural Science Edition), 2019, 47(6): 136-141,148.

[1]	谢秋玲, 罗美华, 雷云, 等. VEGF 纳米抗体的筛选、表达及特异性检测[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2020, 48(9): 141-148.
[2]	吕聪鞠鲁男刘佳露任航赵治权方晨李晨阳杜军. cDCE 好氧矿化菌群的多样性及群落结构特征[J]. 华南理工大学学报(自然科学版), 2019, 47(9): 107-112,138.
[3]	刘雪梅黄管大黄天来. 非序列比对软件 SeqDistK 在微生物菌群分类中的应用[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2019, 47(11): 71-77.

相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

Feasibility Evaluation of Dissimilarity Algorithm and Adjacency Method for Constructing Evolutionary Tree

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 3

编辑推荐

Metrics

本文评价