CYP725A4分子序列分析与结构建模

doi:10.3969/j.issn.1000-565X.2011.05.027

华南理工大学学报（自然科学版） ›› 2011, Vol. 39 ›› Issue (5): 154-159.doi: 10.3969/j.issn.1000-565X.2011.05.027

CYP725A4分子序列分析与结构建模

蒙海林^1,2 汪建峰^2,3 王勇^2†张嗣良³ 王小宁¹

1．华南理工大学生物科学与工程学院，广东广州 510006；2．中国科学院上海生命科学研究院合成生物学重点实验室，上海 200032；3．华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室，上海 200237

收稿日期:2010-10-14 修回日期:2011-02-11 出版日期:2011-05-25 发布日期:2011-04-01
通信作者: 王勇(1974-)，男，博士，教授，主要从事合成生物学研究 E-mail:yongwang@sibs.ac.cn
作者简介:蒙海林(1980-)，男，博士生，主要从事合成生物学研究
基金资助:
国家自然科学基金资助项目(31070030)；上海市“浦江人才计划”项目(09PJ1403600)；上海市“科技创新行动计划”重大科技项目(10dzl910100)；中国科学院知识创新工程重大项目(KSCX2-EW-J-12)

Sequence Analysis and Structure Modeling of CYP 725A4

Meng Hai-lin^1,2 Wang Jian-feng^2,3 Wang Yong² Zhang Si-liang² Wang Xiao-ning¹

1. School of Biological Sciences and Engineering,South China University of Technology,Guangzhou 510006,Guangdong China; 2. Key Laboratory of Synthetic Biology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences,Shanghai 200032,China; 3. State Key Laboratory of Bioreactor Engineering,East China University of Science and Technology,Shanghai 200237,China

Received:2010-10-14 Revised:2011-02-11 Online:2011-05-25 Published:2011-04-01
Contact: 王勇(1974-)，男，博士，教授，主要从事合成生物学研究 E-mail:yongwang@sibs.ac.cn
About author:蒙海林(1980-)，男，博士生，主要从事合成生物学研究
Supported by:
国家自然科学基金资助项目(31070030)；上海市“浦江人才计划”项目(09PJ1403600)；上海市“科技创新行动计划”重大科技项目(10dzl910100)；中国科学院知识创新工程重大项目(KSCX2-EW-J-12)

摘要/Abstract

摘要：

CYP725A4在大肠杆菌等原核宿主中难以实现高效功能表达，是制约紫杉醇异源合成的瓶颈之一。文中利用生物信息学方法对该酶分子的序列进行疏水性和跨膜区分析，构建了其分子进化树，在此基础上用同源建模方法构建了其天然态以及切除N端跨膜区后的三级结构，并对CYP725A4实现功能表达所必需的辅助还原酶也进行了天然态和切除N端跨膜区后的三级结构建模。所构建的结构模型经PROCHECK验证具有较好的可靠性。

关键词: 生物信息学, 细胞色素P450酶, 序列分析, 分子建模, 功能表达

Abstract:

The difficulty in functional expression of CYP725A4 in heterogeneous prokaryotic hosts such as E.coli is a key bottleneck of the heterologous biosynthesis of taxol.In this paper,bioinformatic strategies were employed to analyze the hydrophobic profile and the transmembrane helices of CYP 725A4 sequence,and a molecular phylogenetic tree of CYP 725A4 was constructed.Then,based on the results,the tertiary structures of native and N-terminal truncated CYP 725A4 were reconstructed via the homology modeling,and similar operations were performed for native and truncated versions of cytochrome P450 reductase used for the functional expression of CYP 725A4.PROCHECK results show that the constructed structure models are all reliable.

Key words: bioinformatics, cytochrome P450 hydroxylase, sequence analysis, molecular modeling, functional expression

蒙海林汪建峰王勇张嗣良王小宁. CYP725A4分子序列分析与结构建模[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2011, 39(5): 154-159.

Meng Hai-lin Wang Jian-feng Wang Yong Zhang Si-liang Wang Xiao-ning. Sequence Analysis and Structure Modeling of CYP 725A4[J]. Journal of South China University of Technology (Natural Science Edition), 2011, 39(5): 154-159.

[1]	朱斌田联房杜启亮余陆斌. 基于自适应双分数阶光流模型的运动目标分割 [J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2019, 47(2): 77-84.
[2]	刘雪梅臧翔黄天来杨哲李文叶宇中胡珊. 病毒感染宿主细胞可能性的序列非比对法评估[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2017, 45(11): 106-111.
[3]	文志诚陈志刚唐军. 基于时间序列分析的网络安全态势预测[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2016, 44(5): 137-143,150.
[4]	柯野黄伟谦李家洲谢明权罗晓春. 雅致放射毛霉蛋白酶SP1 基因的克隆及序列分析[J]. 华南理工大学学报(自然科学版), 2012, 40(12): 128-133,144.
[5]	生书晶赵树进. 何首乌中Ⅲ型PKS基因的克隆和表达[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2010, 38(5): 144-148.
[6]	曾琦锴林影翟志臣林小琼杜红丽. 树干毕赤酵母木糖还原酶Lysine270定点突变的理性设计[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2009, 37(6): 79-83.
[7]	庞启华严萍赵树进. 高良姜及其混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2009, 37(6): 63-68.
[8]	严萍焦旭雯庞启华赵树进 . 何首乌的18S rRNA基因序列分析[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2008, 36(4): 151-154.
[9]	杜红丽王靖方曾琦锴凌飞魏冬青林影王小宁 . 木糖还原酶定点突变设计的生物信息学分析[J]. 华南理工大学学报（自然科学版）, 2008, 36(12): 122-127.

CYP725A4分子序列分析与结构建模

Sequence Analysis and Structure Modeling of CYP 725A4

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